« Mémoires de missionnaire » raconte la colonisation belge au Congo à travers le prisme de l’évangélisation. Les derniers témoins de cette époque livrent le destin étonnant et méconnu d’hommes d’église qui se sont exilés au bout du monde pour porter la bonne parole. Leurs témoignages nous offrent un éclairage différent sur cette période. Le récit se construit à partir de l’histoire singulière de Félix Marcel, le grand père de la réalisatrice, qui découvrit l’Afrique en 1934 comme jeune prêtre ordonné et en revint 30 ans plus tard, marié et père de cinq enfants. A partir des carnets de notes de Félix Marcel, la réalisatrice entreprend un voyage entre la Belgique et le Congo, sur les traces de ces missionnaires marqués à tout jamais par leurs expériences en Afrique.

Aline, 16 ans, doit faire face à une soudaine absence : son père est incarcéré depuis peu, et refuse de la voir. Elle tente malgré tout de l’atteindre, mais se heurte à sa mère et aux règles pénitentiaires. Pour finalement heurter - au sens propre - un garçon de son âge, en qui elle voit un ultime moyen de se rapprocher de son père.